Dans l'animé, l'Alchimie permet de transmuter n'importe quel objet en un objet de masse équivalente. Elle est régie par la loi de l'équivalence : Pour obtenir quelque chose, il faut sacrifier quelque chose de même valeur.
Pour réaliser une transmutation, un alchimiste doit tout d'abord tracer un cercle de transmutation ou un pentacle. Puis il dépose l'objet qu'il veut transmuter au milieu du cercle; il impose alors ses mains sur le cercle et, par la force de la pensée, transmute l'objet.
Cependant, la transmutation dépend du pentacle dessiné. Ainsi, selon le résultat que l'alchimiste veut obtenir, il doit tracer un cercle différent. Un alchimiste doit donc faire beaucoup de recherche avant d'apprendre une transmutation et comme un savant, il peut en découvrir de nouvelles. Généralement, un alchimiste garde secret la plupart de ses "techniques". Pour apprendre véritablement l'alchimie, il faut donc avoir un maître.
L'alchimie permet donc une infinité de possibilités et, de ce fait, certaines restrictions ont été ordonnées par les militaires et le gouvernement pour des questions éthiques mais aussi économiques. Ainsi, la transmutation des métaux en or est formellement interdite, ce qui peut se comprendre car alors, les métaux perdraient toute leurs valeurs. De plus les transmutations humaines, c'est à dire effectuées sur des êtres humains, sont interdites. Cependant, elles sont tolérées sur les animaux.
L'alchimie est donc régie par certaines lois et certains interdits mais demande aussi des conditions à son utilisation comme les pentacles. Cependant, une rumeur dit qu'un objet permettrait d'utiliser l'alchimie sans conditions et sans lois, il s'agit de la Pierre Philosophale. Grâce à elle, tout est possible mais seulement, tous ceux qui se sont intéressés à la Pierre Philosophale sont morts dans des circonstances curieuses. On dit qu'elle a existée mais qu'à cause de la convoitise huamine, elle a apporté le malheur. Ainsi, personne ne sait de quoi elle a l'air mais tout le monde s'accorde à dire qu'elle serait de couleur rouge vive. Enfin, il est dit que l'on pourrait la créer grâce à l'alchimie.
L'alchimie et plus particulièrement la Pierre Philosophale sont des mythes qui existent vraiment. Ainsi, il y a quelques similitudes entre l'alchimie dans l'animé et le mythe de l'alchimie.
